Pangenoma de patógenos AMR brasileiros

21 genomas (K. pneumoniae + E. coli) RefSeq · panaroo 1.6.1 · clean-mode sensitive

Genomas
-
RefSeq, 2 espécies
Genes (todos)
-
após clustering panaroo
Shell genes
-
15-95% das cepas
Cloud genes
-
<15% - raros / HGT
Por que 0 core genes? O conjunto mistura K. pneumoniae e E. coli (~30% identidade média). Genes 100% conservados entre os 21 = 0. Para core genome alignment tradicional, rodar separadamente por espécie. O perfil atual mostra diversidade inter-espécie em UTI BR - outro ângulo válido.

Distribuição de genes por número de cepas

Histograma: quantos genes estão presentes em N das 21 cepas. Picos em valores baixos = cloud (raros); picos altos = conservados.

Top 30 genes mais conservados

Genes presentes na maior fração de cepas. Genes "group_*" são clusters sem nome funcional anotado (prodigal não anotou função).

#GenePresente emFração

Resumo metodológico

Pipeline: 50 acessões RefSeq tentadas → 21 baixadas com sucesso → prodigal -p meta (predição de ORFs) → conversor próprio (prodigal GFF → prokka-style GFF panaroo-compatível) → panaroo --clean-mode sensitive --remove-invalid-genes. Filtros: genes com stop interno ou frame inválido removidos automaticamente. cd-hit/cd-hit-est em 4 rodadas progressivas (98%, 95%, 90%, 70% identidade).